Bioinformatik
Zusätzlich zur Sequenzierung bieten wir optional auch eine bioinformatische Auswertung bzw. Begleitung Ihrer Projekte an.
Zu unseren Standard-Analysen zählen
- De-Novo Assemblierung kleinerer Genome
- Resequencing-Analysen
- 16S Microbiom-Analysen
- vergleichende Transkriptomanalysen
- Exom-Analysen
Darüber hinaus sind natürlich weitere projektspezifische Analysen möglich, so haben wir in der Vergangenheit beispielsweise Qualitäts-Analysen von Antikörper-Libraries, viralen Quasispezies oder Resistenzentwicklungen erstellt.
Projektergebnisse können sowohl in den Standardformaten (fastQ, fastA, csv, sam/bam, vcf), wie auch anderen Formaten oder grafischen Darstellungen nach Absprache erstellt werden.
Ein Auszug der verwendeten Methoden und Programme:
- Mapping: bwa, bowtie, samtools
- Assembly: newbler, mira
- RNAseq: tophat, cufflinks
- Statistik: R
- Qualitätskontrolle: fastqc, fastx
Kontaktdaten
SEQ-IT GmbH & Co. KG
Pfaffplatz 10
67655 Kaiserslautern / GERMANY
Tel.: +49 (0)631 / 31670 – 0
E-Mail: info@seq-it.de
